【マレーシア】移転価格ガイドライン・税務調査フレームワーク、電子インボイスおよび印紙税の自己申告制度導入等の2025年度税制改正
本稿では、RSM Malaysiaからの寄稿により、マレーシアの移転価格税制、電子インボイス制度および印紙税の自己申告制度等の最新動向をお伝えします。
目次
移転価格ガイドラインおよび税務調査フレームワーク
マレーシアの移転価格税制は、過去10年間で著しい変化を遂げました。
2009年「マレーシア所得税法（Income Tax Act 1967）第140A条」1が導入されて以来、直近の「マレーシア移転価格ガイドライン2024（Malaysia Transfer Pricing Guidelines 2024：移転価格ガイドライン）」2（2023年課税年度適用開始）および「移転価格税務調査フレームワーク2025（Transfer Pricing Tax Audit Framework 2025：移転価格税務調査フレームワーク）」3（2025年7月31日施行）に至るまで、移転価格は税制改正の中心論点となっています。
移転価格ガイドラインは、2023年以降の課税年度に適用され、総売上高が3,000万リンギットを超え、かつ国外関連取引合計額が1,000万リンギットを超える場合、完全版移転価格同時文書化（Contemporaneous Transfer Pricing Documentation：CTPD）が義務付けられています4。
それ以前の基準額は、総売上高が2,500万リンギット、国外関連取引合計額が1,500万リンギットでした5。
また、国外関連者との金融取引6において5,000万リンギットを超えて提供または受領した場合も、完全版CTPDが義務付けられています7。
上記いずれにも該当しない場合は、簡易版CTPDを提出することができます。
ただし、これらの基準額はマレーシアの恒久的施設および支店には適用されないため、これらに対しては完全版CTPDが義務付けられます。
簡易版CTPDと完全版CTPDの相違は下記の通りです。
| 文書内容 | 完全版 CTPD | 簡易版CTPD |
| 全世界グループ構造・組織構造・事業情報 | ● | ● |
| 多国籍企業グループ情報（該当する場合） | ● | － |
| 事業内容・産業分析・市場環境 | ● | － |
| 関連者取引分析および移転価格ポリシー ※1 | ● | ● |
| 機能およびリスク分析 | ● | － |
| 経済分析・比較可能性分析 | ● | －※2 |
※1：納税者の主たる事業活動に関連する、または、営業収益の20％以上を占める主要な関連者取引に適用される。
※2：納税者は、IRBMの要請に応じて移転価格を正当化するために比較可能性分析を作成する必要がある場合がある。
さらに、移転価格ガイドラインにおいて、マレーシア内国歳入庁（Inland Revenue
Board of Malaysia ：IRBM）は、下記の納税者に対してCTPDを作成する義務を免除しています8。
- 事業を営んでいない個人
- 事業を営んでいる個人（パートナーシップを含む）で国内関連者取引のみに従事する者
- 総額100万リンギットを超えない関連者取引を行った者
- 他の者と国内関連者取引のみを行った者で両当事者が下記条件を満たす場合
- 税制優遇措置の適用を受けていない
- 同一の最高所得税率で課税されている
- 関連者取引が行われる前2年間連続して損失が生じていない
しかし、納税者は依然として独立企業間原則に従わなければなりません9。
独立企業間原則を立証するためには、適用免除とされる場合であっても、CTPDは移転価格調査の際に強力な防御文書となります。
従って、納税者がCTPDを作成し、維持することが重要であることに変わりはありません。
少なくとも、簡易版CTPDを作成することが推奨されます。
移転価格ガイドラインのもう一つの改正点は、低付加価値グループ内サービス（Low
Value-Adding Intra-Group Services：LVAS）に関するもので、マレーシアのサービス提供者が、その関連当事者に対して支援的性質のサービスのみを提供する場合、ベンチマーク分析を実施することなく、全てのコストに対して5％のマークアップを適用することが認められるようになったことです10。
これは、納税者の事務負担を軽減するためにシンガポール等で採用されている一律5％のマークアップが適用されるOECD簡易アプローチと類似しています。
しかし、納税者にとっては、そのサービスがLVASに該当するかどうかを適切に判定することが重要となります。
それに疑義がある場合はベンチマーク分析を実施することが推奨されます。
LVASの例示11
- 会計および監査
- 売掛金・買掛金の処理および管理
- 予算管理
- 人事活動
- ITサービス（当該ITサービスがグループの主たる活動の一部ではない場合）
- 法務サービス
- 税務申告
- 一般管理
移転価格ガイドラインと移転価格税務調査フレームワークが同時に公表され、2021年1月1日から20,000リンギットから100,000リンギットの罰金または6カ月以下の懲役12および最高5％のサーチャージ13が課されることは、CTPDの厳格な遵守を確実にするためにIRBMが警戒を強めていることの現れです。
移転価格調査が行われた場合、移転価格調整に対してサーチャージが課されます。
CTPDが14日の遅延を超えて提出される場合、または「2023年所得税（移転価格）ルール（Income Tax (Transfer Pricing) Rules 2023 」（2023年課税年度適用開始）および移転価格ガイドラインにおける文書化要件に準拠していない場合は罰金が課されるため、CTPDは非常に重要になっています。
罰金の内訳は下表の通りです14。
| No. | 遅延日数※ | 罰金（リンギット） |
| 1 | 7日以内 | 20,000 |
| 2 | 7日超14日以内 | 40,000 |
| 3 | 14日超21日以内 | 60,000 |
| 4 | 21日超28日以内 | 80,000 |
| 5 | 28日超 | 100,000 |
※遅延日数は、書面による通知の送達日から14日間経過した日からIRBMに完全なCTPDが提出される日まで計算されます。
2023年以降、納税者は同時文書作成スケジュールに注意する必要があります。
また、期限内に書類を完成させなければなりません。
上記にもかかわらず、税務当局は一貫して納税者に自主開示（Voluntary
Disclosure：VD）を奨励しています。
これは、税務申告書の提出期限後であっても、移転価格税務調査の開始前であれば、
VDフォーム15に記入することによって行うことができます。
ただし、納税者は、該当課税年度のCTPDおよび組織図、監査済財務諸表、税額計算書、税務申告書およびインセンティブに関する情報（ある場合）、比較可能性分析計算書およびその比較対象監査済財務諸表ならびに申告所得または還付請求に関する申告漏れまたは誤りに関する情報を記載した必要書類を準備する必要があります。
移転価格税務調査の対象となっていない場合には、VDを実施するメリットについて疑問に思うことがあるかもしれません。
最大のメリットはサーチャージを軽減する可能性です。
通常の移転価格税務調査の対象となった場合に最高5％16のサーチャージを課される代わりに、VDを選択した納税者は、IRBMが定める0％から4％17までの範囲内でより低いサーチャージで済む可能性があります。
納税者がVDがサーチャージを大幅に軽減する戦略的措置になり得ると考えている場合には、それは検討に値する選択肢となります。
マレーシアではIRBM が調査に積極的な姿勢を示していますが、CTPD整備の重要性を認識し、適切な証憑書類を準備し、IRBM に協力する納税者は、移転価格税務調査に自信を持って対応することができるでしょう。
[1] Malaysia Income Tax Act 1967 – Section 140A.
[2] Malaysia Transfer Pricing Guidelines 2024
[3] Transfer Pricing Tax Audit Framework 2025
[4] Malaysia Transfer Pricing Guidelines 2024 – Paragraph 1.7 (a)
[5] Malaysia Transfer Pricing Guidelines 2012, updated in July 2017 – Paragraph 1.3.1
[6] 金融取引は、貸付、有利子信用取引、前払金、債務、担保または保証の提供を含む。
[7] Malaysia Transfer Pricing Guidelines 2024 – Paragraph 1.7 (b)
[8] Malaysia Transfer Pricing Guidelines 2024 – Paragraph 1.5
[9] 独立企業間価格幅は、比較対象取引の37.5パーセンタイルから62.5パーセンタイルまでの数値の範囲または単一の数値で、課税当局により認められるものを指す。
[10] Malaysia Transfer Pricing Guidelines 2024 – Paragraph 6.27
[11] Malaysia Transfer Pricing Guidelines 2024 – Paragraph 6.26
[12] Malaysia Income Tax Act 1967 – Section 113B.
[13] Malaysia Income Tax Act 1967 – Section 140A. (3C)
[14] Transfer Pricing Tax Audit Framework 2025 – Paragraph 10.2 e.
[15] Transfer Pricing Tax Audit Framework 2025 – Attachment 1
[16] Transfer Pricing Tax Audit Framework 2025 – Paragraph 10.1.2 a.
[17] Transfer Pricing Tax Audit Framework 2025 – Paragraph 10.1.2 c.
電子インボイス制度
電子インボイス制度の概要
電子インボイスとは、売り手と買い手の取引をデジタル化したもので、IRBMが指定する形式（XML／JSON）により作成され、IRBMにより検証を受けます。
2024年1月1日より、電子インボイス制度がマレーシア所得税法第82C条に基づき施行されました。
マレーシア所得税法第2条において、「電子インボイス」とは、同法第82C条の規定に基づき、物品の販売または役務の提供に関して発行されるインボイスまたはIRBM長官が承認する文書と定義されています。
マレーシアで商業活動を行う全ての納税者は、2022年課税年度の年間売上高または収益18に基づき、2024年8月1日より下記の通り段階的に電子インボイス制度を導入することが義務付けられます。
| 段階 | 納税者の年間売上高または収益 | 導入日※2 | 暫定緩和（猶予）期間 ※3 |
| 1 | 1億リンギット超 | 2024年8月1日 | 2024年8月1日～2025年1月31日 |
| 2 | 2,500万リンギット超1億リンギット以下 | 2025年1月1日 | 2025年1月1日～2025年6月30日 |
| 3 | 500万リンギット超2,500万リンギット以下 | 2025年7月1日 | 2025年7月1日～2025年12月31日 |
| 4 | 100万リンギット超500万リンギット以下 | 2026年1月1日 | 2026年1月1日～2026年6月 30日 |
| 5 | 100万リンギット以下※1 | 2026年7月1日 | 2026年7月1日～ 2026年12月31日 |
※1：年間売上高または収益が50万リンギット未満の納税者（例：個人、パートナーシップ、会社、協同組合など）は、現在、電子インボイス（自己発行電子インボイス（Self-
Billed E-Invoice）を含む）の発行が免除されている19。
ただし、下記の納税者は当該免除の対象外となる。
①年間売上高または収益が50万リンギット以上の非個人株主（またはこれに相当するもの）を有する納税者
②年間売上高または収益が50万リンギット以上の持株会社の子会社である納税者
③年間売上高または収益が50万リンギット以上の関連会社（下記「関連会社の定義」参照）または合弁会社を有する納税者
※2：2023年から2025年までに開始される新規事業については、導入時期が下記の通り定められている20。
| 新規事業開始日 | 導入日 |
| 2023年から2025年 | 2026年7月1日（年間売上高または収益が50万リンギット以上である場合） |
| 2026年以降 | 2026年7月1日または事業開始日いずれか遅い日 |
（注）初年度の売上高または収益が50万リンギット未満の場合、その導入日は、年間売上高または収益が50万リンギットに達した年の翌々年1月1日となる。
※3：納税者が猶予期間中であってもIRBMの要件に違反する場合、違反罰則（すなわち、有罪判決を受けた場合、各違反につき、200リンギット以上20,000リンギット以下の罰金または6ヶ月以下の懲役、あるいはその両方が課される）が適用される21。
IRBMの2024年7月26日付プレスリリースに基づき、マレーシア政府は納税者の電子インボイス制度導入の準備を支援するため、義務化スケジュールから6か月間の暫定緩和（猶予）期間を設けています。
暫定緩和期間については下記の通りです。
- 納税者は、その顧客に対して通常のインボイスを発行し、各月の全ての取引について一括電子インボイス（Consolidated E-Invoice）を、各月末後7日以内にIRBMに提出することが認められる。
- 全ての業種において一括電子インボイスが認められる。
- 全ての自己発行電子インボイスについて、
一括自己発行電子インボイス（Consolidated Self-Billed E-Invoice）が認められる。 - 一括自己発行電子インボイスの提出期限は、一括電子インボイスと同様に、月末後7日以内となる。
- 一括電子インボイスまたは一括自己請求電子インボイスの「商品・サービス説明
（Description of Product or Service）」欄の記載内容に要件はない（レシート番号などを記載する必要はない）。 - 売り手または買い手が電子インボイスまたは自己発行電子インボイスを要求する場合、納税者は電子インボイスまたは自己発行電子インボイスを発行することなく、一括電子インボイスまたは一括自己発行電子インボイスを提出することが認められる。
暫定緩和期間は、電子インボイス制度の義務化導入スケジュールを延期するものではありません。
納税者が暫定緩和期間中にIRBMの要件に違反する場合には、違反罰則が適用されます。
IRBMは、電子インボイスに関して2025年7月7日、7月9日および9月12日に下記を公表しました。
- 2025年7月7日「電子インボイスガイドライン第4.5版（E-Invoice Guideline
(Version 4.5) dated 7 July 2025）」22 - 2025年9月12日「電子インボイス特定ガイドライン第4.4版（E-Invoice Specific
Guideline (Version 4.4) dated 12 September 2025）」23 - 2025年7月9日「よくあるご質問（General Frequently Asked Questions dated
9 June 2025）」24
[18] 年間売上高または収益の算定方法は下記の通り。
①監査済財務諸表を有する納税者は、2022年課税年度の監査済財務諸表における包括利益計算書に記載された年間売上高※または収益※に基づく。
②監査済財務諸表を有しない納税者は、2022年課税年度の納税申告書に記載された年間収益※に基づく。
③2022年課税年度の会計年度末を変更した納税者は、12ヶ月間に按分した売上高※または収益※に基づく。
※電子インボイス制度の義務化スケジュールにおいて、「売上高」および「収益」は同義語として使用され、一般的には、監査済財務諸表で収益として報告された金額を指す。
[19] 随時変更される場合がある。
[20] E-Invoice Guideline (Version 4.5) dated 7 July 2025 – 1.5
[21] Malaysia Income Tax Act 1967 – Section 120(1)(d)
[22] E-Invoice Guideline (Version 4.5) dated 7 July 2025
[23] E-Invoice Specific Guideline (Version 4.4) dated 12 September 2025
[24] General Frequently Asked Questions dated 9 June 2025
電子インボイス制度における「関連会社」の定義
電子インボイス制度における「関連会社（Related Company）」は、マレーシア投資促進法（Promotion of Investments Act 1986）第2条に定義されており、会社に関連する下記いずれかの他の会社をいいます。
①会社が他の会社の事業を直接または間接的に支配しまたは支配し得る場合の当該他の会社
②会社が他の会社に事業を直接または間接的に支配されまたは支配され得る場合の当該他の会社
③会社の事業を直接または間接的に支配しまたは支配し得る者が他の会社の事業を直接または間接的に支配しまたは支配し得る場合の当該他の会社
会社は、次のいずれかに該当する場合、他の会社の関連会社とみなされます。
①会社の発行済株式の20％以上を他の会社が直接または間接に所有している場合
②会社が他の会社の発行済株式の20％以上を直接または間接に所有している場合
一括電子インボイスが認められない事業
電子インボイス特定ガイドライン第4.4版に基づき、一括電子インボイスの発行が認められない活動または取引の種類が下記の通り拡大されました25。
- 単一取引額が10,000リンギットを超える全ての事業
2026年1月1日より、単一取引額が10,000リンギットを超える場合、電子インボイスが義務付けられる（全ての事業に対して適用）。 - 電力の配電、供給または販売に関連する電気事業（2026年1月1日より、電気事業者のみに適用）。
- ポストペイ、インターネット定期契約及び電子機器の販売に関する電気通信事業（2026年1月1日適用）
[25] E-Invoice Specific Guideline (Version 4.4) dated 12 September 2025 – 3.7.2.
印紙税の自己申告制度導入
2025年度税制改正案に基づき、印紙税（Stamp Duty）に関する自己申告制度（Self-
Assessment System：SAS）が2026年1月1日から段階的に導入されます。
| 段階 | 導入日 | 文書の種類 |
| 1 | 2026年1月1日 | 賃貸借、一般印紙および証券に関する証書または文書 |
| 2 | 2027年1月1日 | 財産所有権の移転に関する証書 |
| 3 | 2028年1月1日 | 上記（段階1および2）以外の証書または文書 |
印紙税に関するSAS導入に伴う主な改正点は下記の通りです。
| a. 印紙税納付者は、所定フォームを使用し、印紙税が課される文書を添付した印紙税申告書を電子的に提出しなければならない。課税額は、課税決定日に納付しなければならない。 | 適用開始日 2026年1月1日 |
| b. 印紙税の最低額は1通につき10リンギット（小切手および契約書を除く）。 | 適用開始日 2025年1月1日 |
| c. 7年間の記録保管 | 適用開始日 2026年1月1日 |
| d. 時効期間は、税金が支払われた日または支払われるべきであった日から5年間（詐欺、故意の債務不履行または意図的な過失（未必の故意）の場合には適用されない）。 | 適用開始日 2026年1月1日 |
| e. 改正または新設された罰則 |
| 違反 | 罰則 | 適用開始日 2025年1月1日 | |
| 印紙税の納付遅延 | 下記のとおり改正された | ||
| 証書の印紙 | 罰則 | ||
| 消印日から3ヶ月以内 | 50リンギットまたは不足税額10％相当額のいずれか高い方 | ||
| 上記以外の場合 | 100リンギットまたは不足税額20％相当額のいずれか高い方 | ||
| 違反 | 罰則 | 適用開始日 2026年1月1日 |
| 証書および関連書類の保管不備 | 有罪判決の場合、10,000リンギット以下の罰金 |
| 違反 | 罰則 | 適用開始日 2026年1月1日 |
| 申告書の提出不備 | 有罪判決の場合、10,000リンギット以下の罰金 不起訴の場合、200リンギットから2,000リンギットまでの罰金 |
| 違反 | 罰則 | 適用開始日 2026年1月1日 |
| 不正申告 / 課税対象の判定に誤った影響を与える情報提供 | 有罪判決の場合、1,000リンギットから10,000リンギットまでの罰金および未納税額に相当する特別罰金 不起訴の場合、未納税額に相当する罰金 |
| f. 改正税額 |
| 項目番号26 | 課税文書 | 改正税額 | 適用開始日 2025年1月1日 | |
| 29 | 小切手 | 1リンギット | ||
| 49(a) | 賃貸借契約書 ・年間平均賃料その他の条件を計算する際に罰金または追加料金は含まれない。 | 賃貸期間 | 年間賃料総額のうち250リンギット当たりの税額 | |
| 1年以下 | 1リンギット | |||
| 1年超3年以下 | 3リンギット | |||
| 3年超5年以下 | 5リンギット | |||
| 5年超 | 7リンギット | |||
2025年6月6日、IRBMは雇用契約に関する印紙税の免除を発表しました。
主なポイントは下記のとおりです。
| 雇用契約締結日 | 印紙税の免税 | 印紙税納付遅延に対する罰金免除 |
| 2025年1月1日以前 | あり | あり |
| 2025年1月1日から2025年12月31日まで | なし | あり（但し、その雇用契約が2025年12月31日までに調印されている場合に限る。） |
| 2026年1月1日以降 | なし | なし |
[26] Malaysia Stamp ACT 1949 – Instruments Chargeable with Stamp Duty
RSM Malaysiaのご紹介
Dato’ Robert Teo
Managing Partner
本稿のお問合せ
株式会社東京共同ホールディングス
事業開発企画室
TEL：080-7672-4467
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PDF:【マレーシア】移転価格ガイドライン・税務調査フレームワーク、電子インボイスおよび印紙税の自己申告制度導入等の2025年度税制改正
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